微生态工程技术研究中心在刘吉成教授的带领下，经过十年的不懈努力，已建设成以益生菌及其功能为研究方向、具有产学研一体化特点的综合工程中心。研究中心主要从事乳酸菌和双歧杆菌等益生菌的筛选、鉴定和遗传改造、益生菌生理功能的评价以及益生菌功能食品和制剂的研制和开发，将益生菌与乳制品、豆制品和植物性多糖等具有生理活性物质有机结合，扩展益生菌在食品加工中的应用范围，为针对高血压、高血脂症、冠心病、脂肪肝和动脉硬化等“文明病”人群研发新型功能食品提供理论依据。中心在双歧杆菌耐氧和耐酸驯化、多元蛋白双歧杆菌发酵制品的研发等方面积累了丰富的经验。于2007年成为独立的科研部门，目前占地面积1000平方米，配备了价值300余万元的仪器设备，下设益生菌基础研究室、益生菌功能评价研究室和益生菌保藏室等3个部门，主要从事微生态领域的基础和应用研究，承担多项国家、省、市级科研课题。微生态工程技术研究中心现有厌氧操作培养箱、30-300升发酵系统、管式离心机、全自动发酵罐、冻干机，生物安全柜，大容量低温超速离心机、细胞粉碎仪、全自动牛乳成分分析仪、均质机和超滤系统等精密科研仪器。2011年6月被评为黑龙江省教育厅高校校企共建工程中心。
